Esta planta fue muy popular en Extremadura para ahuyentar a las brujas y a los espíritus malignos. En Alia, localidad de Cáceres, se conserva una coplilla que alude a los efectos protectores de la ruda: "Si los mozos supieran lo que es la ruda, no salieran sin ella, noche ninguna". En otro pueblo extremeño, Madroñera (Cáceres), se creía que la ruda mezclada con unos granos de sal, resultaba eficacísima contra los hechizos. En Asturias, considerada tierra de brujas, la ruda tuvo un importante papel en la magia protectora. Pues se creía que echada en agua, aseguraba el de una persona; y colgada en algún lugar de la casa preservaba de los hechizos.

Andrés de Laguna, en "Acerca de la materia medicinal y los venenos mortíferos", escribe: "Majada con vinagre y aplicada a la frente y a las sienes o dada a oler, despierta a los endormecidos de letárgica o modorra. Y los mismos efectos se observan en su zumo dado a beber....". Esta creencia que viene de antiguo, ha hecho suponer a los folcloristas, que la planta que los protagonistas entregan a las princesas dormidas de los cuentos, por algún hechizo maligno de la bruja, es la ruda. El doctor laguna habla también de otras virtudes supuestamente mágicas de la ruda: "Las hojas de la ruda metidas dentro de un higo con media nuez mondada y con sal; y así comidas, son evidente remedio contra la pestilencia y contra todo veneno". También dice que: "Algunos autores dicen que la ruda tiene gran fuerza contra los malos espíritus y contra toda suerte de hechicerías". 

La ruda también tuvo fama como inhibidor del rijo, y por este motivo, se cultivaba en los claustros de los monasterios. Hieronymus Bock (siglo XVI), reputado botánico, aconseja a los monjes; tomar abundante ruda para evitar las tentaciones del sexo.

Los curanderos en México, purifican y curan a sus pacientes, cepillándoles con ramas de ruda y pimienta. .

Colocar hojas de ruda sobre la frente, elimina los dolores de cabeza. Llevar ruda alrededor del cuello ayuda a la recuperación de enfermedades. Es puesta en inciensos con fines curativos. Oler ruda fresca despeja la mente en los asuntos amorosos, y mejora los procesos mentales. Añadida al baño, rompe todos los hechizos y maldiciones que pueden haber sido lanzados contra usted; también se añade a los inciensos y mezclas para exorcismos.

Se cuelga en la puerta de las casas para protección de malas energías. Empleándose para el mismo fin, una rama de ruda fresca; que se utilizará para salpicar por toda la casa, agua con sal. Preserva de accidentes, ataques psíquicos de espíritus inferiores, de la envidia, etc. Actúa como prevención, pues crea un campo protector alrededor de quien la posea.

Se dice que una ruda robada crece mejor, desarrollando una energía más poderosa. Si la plantamos nosotros mismos, es importante nuestro estado de ánimo. Jamás debemos plantar ruda en un estado depresivo o mal humorados, pues nuestras manos transmitirán a la planta esa energía. Si la planta comienza a marchitarse, es una clara señal de que está absorbiendo la negatividad que se encuentra en el ambiente.